Trabzonspor'da altyapı faaliyetleri 1971 yılında A Genç Takım olarak başlatıldı. Daha sonra Paf Takım, Süper Genç Takım, B Genç Takım, A Yıldız Takım, B Yıldız Takım, A Minik Takım, B Minik Takım ve Gözlem Grubu oluşturularak faaliyetlerini sürdürdü.
Trabzonspor altyapısında, lisanslı oyuncuların haricinde lisanssız olarak eğitim gören gözlem grupları vardır. Bu gruplarda başarılı olan, gelişme sağlayan oyuncular lisanslanıp Trabzonspor kulübünün bünyesine katılmaktadır.
Sezon başından haziran ayı boyunca yurt içinden, yurtdışından yaşı uygun olan oyuncuların seçmeleri yapılmakta ve uygun görülenler takım bünyesine kazandırılmaktadırlar.
Trabzonspor'un altyapı eğitim ve bölge koordinatörlüğünü Özkan Sümer yapmaktadır. Altyapıda görevli antrenörlerin isimleri şöyledir: Ahmet Özen(PAF Takım Antrenörü), Metin Bak(Süper Genç Takım Antrenörü), Hakan Yılmaz(Minik Takımları Antrenörü), Adil Turhan(Yıldız Takım Antrenörü), Serdar Şahin(B Genç Takım Antrenörü), Zafer Hızarcı(Altyapı Antrenörü), Hamit Cihan(Kaleci Antrenörü)
